Sau khi Thế chiến thứ hai nổ ra tại châu Âu, Roosevelt đưa Stimson về làm Bộ trưởng Chiến tranh. Việc chọn Stimson, một chính trị gia Cộng hòa bảo thủ, nằm trong tính toán của tổng thống nhằm được sự ủng hộ của cả hai đảng cho sự tham chiến của Hoa Kỳ, việc được coi là gần như chắc chắn xảy ra. Mười ngày trước vụ tấn công Trân Châu Cảng, Stimson viết trong nhật ký câu sau: "[Roosevelt] đưa ra giả thiết chúng ta có thể sẽ bị tấn công thứ hai tuần sau, khi mà người Nhật nổi tiếng là tấn công mà không báo trước, và câu hỏi đặt ra là chúng ta nên làm gì. Câu hỏi là chúng ta phải điều động như thế nào để dẫn chúng vào thế bắn phát đạn đầu tiên mà không gây nhiều nguy hiểm cho chúng ta".[17]

Trong chiến tranh, Stimson giám sát việc mở rộng quân đội, bao gồm việc nhập ngũ và đào tạo 13 triệu lính và phi công, đồng thời sử dụng và vận chuyển 30% sản lượng công nghiệp quốc gia ra chiến trường.[18] Ông hợp tác chặt chẽ với người phụ tá hàng đầu Robert P. Patterson, người kế vị Stimson làm Bộ trưởng;[19] Robert Lovett, người quản lý Không quân; Harvey Bundy; và John J. McCloy, Trợ lý Bộ trưởng Chiến tranh.[20]

Giam giữ người Mỹ gốc Nhật

Stimson ban đầu phản đối kế hoạch giam giữ người Mỹ gốc Nhật ở bờ Tây, nhưng cuối cùng thỏa hiệp với các cố vấn quân sự và lấy được sự chấp thuận của Roosevelt cho chương trình bắt giữ. Chính quyền lúc này đang bị phân chia sau trận Trân Châu Cảng, với quan chức Bộ Tư pháp phản đối việc "giải cứu" còn Quân đội và Bộ Chiến tranh yêu cầu tái định cư ngay lập tức. Vẫn chống đối việc trục xuất quy mô lớn, Stimson dành hầu hết tháng 1 năm 1942 trả lời cuộc gọi từ các cố vấn quân sự và chính trị gia bờ Tây về nguy cơ của một đội quân thứ năm người Mỹ gốc Nhật. Đến tháng 2, John McCloy và những người khác ở phe ủng hộ trại tập trung cuối cùng đã thuyết phục được ông.

Ngày 11 tháng 2 năm 1942, Stimson và McCloy nói chuyện trong một cuộc gọi với Roosevelt, người cho Stimson toàn quyền thực hiện điều ông nghĩ là phù hợp nhất. McCloy gọi Karl Bendetsen để xây dựng chiến lược loại bỏ ngay sau đó. Ngày 17 tháng 2, Roosevelt cho Stimson quyền thực hiện việc trục xuất người Mỹ gốc Nhật ở bờ Tây, và hai ngày sau đó, Roosevelt ban hành Sắc lệnh 9066, cho phép thành lập vùng quân sự để loại trừ một số nhóm người.[21]

Trong khi Bộ chỉ huy Phòng thủ phía Tây bắt đầu ban hành lệnh trục xuất dân sự, tranh cãi lại nổi lên về người Mỹ gốc Nhật ở Lãnh thổ Hawaii. Stimson cùng những quan chức khác ủng hộ việc trục xuất tất cả người Nhật, "kẻ thù xa lạ", khỏi quần đảo.[21] Tuy nhiên, người Hawaii gốc Nhật là cộng đồng đông dân nhất trong lãnh thổ và là nền tảng của lực lượng lao động tại đây. Vì việc trục xuất quy mô lớn bất khả thi về mặt kinh tế lẫn chính trị, đề xuất của Stimson nhanh chóng bị bác bỏ.[22]

Mặc dù Stimson tin rằng việc xác định lòng trung thành của người Mỹ gốc Nhật là "gần như không thể" và ủng hộ chương trình giam giữ của quân đội, ông vẫn không thuyết phục trước tính hợp pháp của chính sách này: "Người nhật thế hệ thứ hai chỉ có thể bị trục xuất bằng cách hoặc là một phần của trục xuất toàn bộ, cho phép đi lại phải có giấy phép, hoặc trục xuất họ với lý do ta không thể hiểu hay tin người dân Nhật Bản vì đặc điểm chủng tộc của họ. Điều sau là một thực tế tôi e là một lỗ hổng rất lớn trong hệ thống hiến pháp của chúng ta".[23]

Stimson cho phép thả người Mỹ gốc Nhật từ các trại vào tháng 5 năm 1944 nhưng hoãn sự cho phép họ trở về bờ Tây cho đến bầu cử tháng 11 để tránh tranh cãi về chiến dịch tranh cử của Roosevelt.[21]

Tướng Patton

Ngày 21 tháng 11 năm 1943, tin tức về tướng George S. Patton, chỉ huy của Quân đội Hoa Kỳ thứ bảy, đã tát một binh lính bị liệt sức thần kinh tại một bệnh viện dã chiến ở Sicily.[24] Vụ việc làm dấy lên nhiều tranh cãi, và thành viên Quốc hội kêu gọi sa thải Patton. Tướng Dwight Eisenhower phản đối bất kỳ lời kêu gọi đưa Tướng Patton khỏi chiến trường châu Âu và nói rằng, "Patton không thể thiếu trong nỗ lực chiến tranh - một trong những người bảo đảm chiến thắng cho chúng ta".[25] Stimson và McCloy đồng ý; Stimson nói Thượng viện rằng cần phải giữ Patton lại vì anh có "tố chất lãnh đạo hùng hổ, chiến thắng trong những trận đánh cay nghiệt trước chiến thắng cuối cùng".[26]

Kế hoạch Morgenthau

Stimson kịch liệt phản đối Kế hoạch Morgenthau với mục tiêu phi công nghiệo hóa và chia nước Đức thành nhiều nước nhỏ hơn.[27] Kế hoạch này cũng bao gồm trục xuất và giam giữ bất kỳ ai được cho là đã thực hiện tội ác chiến tranh. Ban đầu Roosevelt đồng tình với kế hoạch này, nhưng sự phản đối của Stimson và người dân khi kế hoạch bị lộ đã khiến ông lùi bước. Stimson vì thế vẫn giữ quyền kiểm soát khu vực Hoa Kỳ chiếm đóng tại Đức, và mặc cho ảnh hưởng của kế hoạch lên thời gian đầu chiếm đóng, nó không bao giờ trở thành chính sách chính thức. Giải thích tại sao ông chống đối kế hoạch này, Stimson khẳng định với Roosevelt rằng 10 nước châu Âu, bao gồm Nga, phụ thuộc vào việc buôn bán và vật liệu thô của Đức. Ông cũng nói rằng việc biến một "món quà của tự nhiên", với những con người đầy "năng lượng, sức sống, và tiến bộ", thành một "vùng đất ma" hay "đống bụi" là không thể tưởng tượng được.

Tuy nhiên, điều Stimson sợ nhất đó là một nền kinh tế phụ thuộc sẽ khiến người Đức thù hằn quân Đồng Minh và từ đó "che đậy tội ác của Đức Quốc xã và sự tàn bào của lý tưởng và hành động của chúng". Stimson cũng nói những điều tương tự với Harry S. Truman, khi ông trở thành tổng thống, mùa xuân năm 1945.[28][29]

Là một luật sư, Stimson phản đối ý định ban đầu của Roosevelt và Thủ tướng Anh Winston Churchill, yêu cầu một quy trình tư pháp hoàn chỉnh đối với các tội phạm chiến tranh. Ông và Bộ Chiến tranh soạn thảo dự định đầu tiên cho một Tòa án Quốc tế, và nhận được sự ủng hộ của Truman. Đề xuất của Stimson cuối cùng dẫn đến Toàn án Nuremberg năm 1945–1946, đã tác động lớn lên quá trình phát triển luật quốc tế.

Bom nguyên tử

Là Bộ trưởng Chiến tranh, Stimson trực tiếp quản lý chương trình bom nguyên tử, và giám sát Tướng Leslie Groves, lãnh đạo của Dự án Manhattan. Cả Roosevelt và Truman nghe theo lời khuyên của Stimson về mọi khía cạnh liên quan đến dự án, và Stimson bác bỏ các sĩ quan quân đội khác khi họ không đồng ý với ông.[30][31] Điều này dễ thấy sau khi các chỉ huy quân sự chọn Kyoto làm một trong những mục tiêu ném bom ở miền nam Nhật Bản. Stimson, vẫn còn nhớ về tuần trăng mật ở đó, đã phản đối những vị tướng của mình, nói rằng đó là một trung tâm văn hóa quan trọng và "không được đánh bom".[11]

Dự án Manhattan được quản lý bởi Đại tướng Groves với đội ngũ lính dự bị và hàng ngàn nhà khoa học và kỹ sư thường dân. Tuy Groves báo cáo trực tiếp cho Tướng George Marshall, nhưng thực tế Stimson mới là người chỉ huy. Stimson bảo đảm tài chính cần thiết và chấp thuận từ Roosevelt và Quốc hội, đồng thời đảm bảo Manhattan được ưu tiên hàng đầu. Ông quản lý kế hoạch sử dụng quả bom. Stimson muốn Little Boy (quả bom ở Hiroshima) được thả càng sớm càng tốt, một đòn giáng nặng nề lên Tokyo.[32]

Stimson sau này kết luận rằng nếu Mỹ đảm bảo giữ lại chế độ quân chủ lập hiến đế quốc của Nhật, Tokyo có thể đã đầu hàng mà không cần dùng bom nguyên tử.[33]

Cái nhìn của Stimson

Về sau, các sử gia tranh luận về tác động của việc phong tỏa, ném bom kéo dài, và cuộc xâm lược Mãn Châu của Liên Xô liệu có đủ để Nhật Hoàng Hirohito đầu hàng cuối năm 1945 hoặc đầu năm 1946 mà không cần dùng đến bom nguyên tử.[34] Stimson nhìn xa hơn kết cục cuộc chiến. Ông là quan chức chính phủ duy nhất cố dự đoán ý nghĩa của Thời đại Nguyên tử, và ông hình dung một thời đại mới trong lịch sử loài người.[35] Tác động của bom nguyên tử, theo ông, sẽ vượt xa ngoài mục đích quân sự để bao hàm cả ngoại giao, chính trị, kinh tế và khoa học. Hơn hết, Stimson nói rằng "thứ vũ khí tồi tệ nhất lịch sử loài người" đã mở ra "cơ hội biến thế giới thành hình mẫu nơi mà hòa bình và nền văn minh nhân loại có thể được giữ gìn".[36] Ông cho rằng chính sức hủy diệt của vũ khí mới này sẽ đập tan suy nghĩ rằng chiến tranh có thể đem lại lợi ích.[37][38]

Năm 1931, khi Nhật Bản xâm lược Mãn Châu, Stimson với tư cách Bộ trưởng Chiến tranh đã khẳng định Học thuyết Stimson: "không thành quả nào của xâm lăng bất chính sẽ được công nhận bởi Hoa Kỳ". Mặc dù Nhật Bản không quan tâm, theo Stimson, bánh xe chính nghĩa đã quay và những nước "chuộng hòa bình" có cơ hội trừng phạt Nhật Bản đến mức không quốc gia nào sẽ muốn xâm chiếm hàng xóm của mình nữa. Để chứng minh điều này, ông tin rằng bom nguyên tử phải được dùng cho binh lính và những người tham gia chiến tranh, khiến Hiroshima và Nagasaki trở thành mục tiêu thích hợp.[39][40][41]